Na přírodovědecké fakultě se studuje formou tzv. strukturovaného studia, tedy v několika etapách. První etapou je tříletý bakalářský (Bc.) stupeň. Některé studijní programy končí už po bakalářském stupni (např. program Přístrojová a počítačová fyzika), jiné obsahují jak bakalářský tak i magisterský stupeň.