Společná laboratoř otiky se podílí na garanci dvou magisterských studijních programů:
Magisterské studium programu Aplikovaná fyzika navazuje na bakalářské studijní obory a je vhodné i pro absolventy příbuzných bakalářských oborů technických. Studium vychovává absolventy se širokým fyzikálním rozhledem a schopností jak pro samostatnou tvůrčí činnost, tak i pro týmovou spolupráci ve fyzikálních a technických oborech s důrazem na aplikace. Studenti si prohloubí znalosti experimentální fyziky, vč. moderních oblastí částicové fyziky, fotoniky, kvantové fyziky nebo nelineární optiky. Významnou součástí studia je problematika využití fyzikálních jevů k návrhu a realizaci moderních měřících zařízení pro fyzikální obory (částicová fyzika, astronomie a astrofyzika, aplikovaná optika, nukleární fyzika, fyzika materiálů, nanomateriálů a jiné), technické obory i průmyslovou praxi. Student má možnost, doporučenou volbou předmětů, se zaměřit na experimentální částicovou a jadernou fyziku, astrofyziku, problematiku užití synchrotronového záření při studiu materiálů, kvantovou a nelineární optiku, aplikovanou optiku a technologie, na fyzikální měřící metody a metrologii. Často jsou studenti už během magisterského studia zapojení do řešení vědeckých projektů garantujících pracivišť (včetně odpovídající stipendijní podpory). Absolvent aplikované fyziky nalezne uplatnění v průmyslu, vývoji, v základním i aplikovaném výzkumu, ve zkušebnách závodů, při certifikaci výrobků nebo jako hlavní metrolog firmy. Absolventi mohou po pokračování v doktorském studijním programu oboru Aplikovaná fyzika budovat svou vědeckou kariéru v rámci špičkových vědeckých institutů v ČR i v zahraničí.
Program Nanotechnologie je tvořen blokem teoretických předmětů popisujících principy a aplikace nanotechnologií v oblastech nanomateriálů, nanofotoniky a bionanotechnologií a blokem teoretických předmětů zaměřených na charakterizační metody nanotechnologií. Součástí programu jsou tři pětitýdenní laboratorní praxe, zaručující značnou laboratorní zkušenost absolventů. Absolvent programu Nanotechnologie nalezne uplatnění ve firmách a průmyslových podnicích, ve kterých se využívá nanomateriálů a nanotechnologií. Dále nalezne uplatnění ve výzkumných ústavech, na univerzitách nebo vědeckých centrech (Olomouc, Brno, Liberec). V rámci studia studenti získají přehled a dovednosti v oblasti nanotechnologického výzkumu a jeho aplikací v praxi. Absolvent je seznámen se širokou škálou experimentálních metod a technik pro přípravu a charakterizaci různých typů nanomateriálů. Absolventi též mohou pokračovat v doktorském studijním programu Aplikovaná fyzika.